تتكون لجان الاتحاد من لجنة الثقافة والتعليم، ولجنة المرأة والأسرة والشباب، ولجنة حقوق الإنسان والحريات، ولجنة الشؤون المالية والإدارية، ولجنة الشؤون الإنسانية والتضامن، ولجنة البحث والتطوير (R&D). كما يجوز تشكيل لجان مؤقتة عند الحاجة.

تتألف اللجان من ممثلي المنظمات الأعضاء المتخصصين في مجالات عملهم. يُنتخب الرؤساء من بين أعضاء المجلس، بينما يُنتخب نواب الرؤساء والأعضاء من قبل المجلس مع مراعاة التمثيل الجغرافي قدر الإمكان.